Konfederasi Jenderal Leonidas Polk melakukan kesalahan politik besar dengan menggiring pasukannya ke Columbus, Kentucky yang mengasingkan Kentucky mengakui netralitas dan menyebabkan legislatif Unionis mengundang pemerintah AS untuk mengusir penjajah.
Kentucky sangat terpecah sebelum perang. Meskipun perbudakan lazim terjadi di negara bagian itu, nasionalisme tetap kuat dan kaum Unionis mencegah seruan konvensi untuk mempertimbangkan pemisahan diri setelah penembakan di Fort Sumter, South Carolina, pada April 1861. Gubernur Beriah Magoffin menolak pasukan di kedua sisi, dan sesi khusus dari badan legislatif pada musim panas 1861 mengeluarkan peringatan kepada Konfederasi dan pasukan Union untuk tidak mengerahkan pasukan di negara bagian tersebut. Union dan Konfederasi sama-sama mengakui kebodohan memasuki Kentucky ke dalam perang, karena itu akan membawa keseimbangan politik yang halus ke pihak lain.
Presiden Abraham Lincoln, seorang penduduk asli Kentucky yang dengan hati-hati mengamati netralitas negara, segera menyadari bahwa Konfederasi memperoleh sumber daya dan merekrut pasukan dari negara. Namun, dalam tiga pemilihan khusus yang diadakan musim panas itu, penyebab Union telah mendapatkan dukungan. Lokasi geografis Kentucky membuat netralitas permanen hampir mustahil. Sungai-sungai utama di selatan atas mengalir ke Sungai Ohio melalui Kentucky, dan negara bagian memiliki populasi terbesar kesembilan di negara itu.
Pasukan dari kedua belah pihak mulai membangun benteng di sepanjang perbatasan pada bulan-bulan awal perang, tetapi Konfederasi membuat kesalahan besar ketika Jenderal Polk menduduki Columbus, Kentucky, pada tanggal 3 September. Langkah awal ini melawan pasukan Jenderal Ulysses S. Grant , yang menunggu di seberang Sungai Ohio di Illinois, terbukti mahal bagi Konfederasi. Legislatif Kentucky Unionis mengundang pasukan Federal untuk mengusir penjajah, dan pada 6 September, Grant menduduki Paducah dan Southland, masing-masing di mulut Sungai Tennessee dan Cumberland. Ini adalah posisi-posisi vital yang memungkinkan Union keuntungan luar biasa dalam kontes untuk Kentucky dan Tennessee.
Selama perang, sekitar 50.000 orang kulit putih dan 24.000 orang kulit hitam memperebutkan Utara, sementara 35.000 orang bergabung dengan Korea Selatan.