Jenderal Konfederasi Thomas "Stonewall" Jackson menangkap Harpers Ferry, Virginia (sekarang Virginia Barat), dan sekitar 12.000 tentara Union ketika pasukan Jenderal Robert E. Lee bergerak ke utara ke Maryland.
Garnisun Federal di dalam Harpers Ferry rentan terhadap serangan Konfederasi setelah invasi Lee ke Maryland pada bulan September. Kota strategis di Sungai Potomac terputus dari sisa pasukan Union. Jenderal George B. McClellan, komandan Pasukan Potomac, dikirim ke Union General Dixon Miles, komandan garnisun Harpers Ferry, untuk menguasai kota dengan segala cara. McClellan berjanji untuk membantu, tetapi ia harus berurusan dengan sisa pasukan Konfederasi.
Jackson menggulingkan artileri ke tempatnya dan mulai menembaki kota itu pada tanggal 14 September. Orang-orang Yankee kekurangan amunisi, dan Miles menawarkan sedikit perlawanan sebelum setuju untuk menyerah pada pagi hari tanggal 15 September. Ketika bantuan Miles, Jenderal Julius White, berkuda Jackson untuk menegosiasikan persyaratan penyerahan, satu meriam Konfederasi terus menembak. Miles terluka parah oleh tembakan terakhir yang ditembakkan ke Harpers Ferry.
Orang-orang Yankees menyerahkan 73 buah artileri, 13.000 senapan, dan sekitar 12.000 pria di Harpers Ferry. Itu adalah penyerahan diri terbesar Union dalam perang.
Jatuhnya Harpers Ferry meyakinkan Lee untuk mengubah rencananya. Setelah menderita kerugian besar pada 14 September di Maryland pada Pertempuran Mountain Selatan, ke timur laut Harpers Ferry, Lee berniat untuk mengumpulkan pasukannya yang tersebar dan kembali ke Virginia. Sekarang, dengan Harpers Ferry aman, dia memanggil Jackson untuk bergabung dengan pasukannya di Sharpsburg, Maryland. Dua hari kemudian, pada 17 September, Lee dan McClellan bertempur di Battle of Antietam.
